La Balenottera comune è la sola specie di Misticeto frequente nel Mediterraneo. Per dimensioni (fino a 22 m) e peso (massimo 70 tonnellate), è il secondo animale del Pianeta per grandezza, subito dopo la Balenottera azzurra (Balaenoptera musculus). Oltre mille esemplari frequentano le acque del Santuario a profondità superiori a 1.000 m, soprattutto d’estate quando il krill è abbondante